El titular (dueño) de una marca puede ser una persona natural o persona jurídica o inclusive la combinación de ambas.
En caso la marca se registre a tu nombre, será parte de tu patrimonio personal; si se registra a nombre de tu empresa, pasará a ser parte del patrimonio de la persona jurídica.
En el primer caso, tú tendrás control sobre tu marca; sin embargo, en el segundo caso el control sobre la marca recaerá en la persona jurídica y podrá ser objeto de distintas operaciones dependiendo del estatuto de la sociedad y las facultades delegadas en los administradores.
Por otro lado, es importante que sepas que una marca puede ser objeto de gravámenes o inclusive ser embargada.
Finalmente la respuesta de qué conviene depende de tu situación comercial o societaria.